1、生物有機(jī)肥價(jià)格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價(jià)格昂貴，每噸上萬元。
2、生物有機(jī)肥含有功能菌和有機(jī)質(zhì)，能改良土壤促進(jìn)被土壤固定養(yǎng)分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進(jìn)土壤固定肥料的利用。
3、生物有機(jī)肥的有機(jī)質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合有些土壤環(huán)境。

有機(jī)肥
廣義上的有機(jī)肥俗稱農(nóng)家肥，包括以各種動(dòng)物、植物殘?bào)w或代謝物組成，如人畜糞便、秸稈、動(dòng)物殘?bào)w、屠宰場廢棄物等。
有機(jī)肥主要來源于植物和動(dòng)物，施用于土壤以提供植物營養(yǎng)為其主要功能的含碳物料，經(jīng)生物物質(zhì)、動(dòng)植物廢棄物、植物殘?bào)w加工而成，消除了其中的有毒有害物質(zhì)，富含大量有益物質(zhì)，包括多種有機(jī)酸、肽類以及包含氮、磷、鉀在內(nèi)的豐富的營養(yǎng)元素。不僅能為農(nóng)作物提供全面營養(yǎng)，而且肥效長，可增加和更新土壤有機(jī)質(zhì)，促進(jìn)微生物繁殖，改善土壤的理化性質(zhì)和生物活性，是綠色食品生產(chǎn)的主要養(yǎng)分。
生物菌肥
生物菌肥是在有機(jī)肥料中加入有益生物菌群，起到固氮，降解土壤中的有機(jī)養(yǎng)分，抑制土傳病害和改良土壤的作用。肥料中的菌是施到土壤中再發(fā)揮作用的。生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來提高土壤固定肥料的利用。生物有機(jī)肥的有機(jī)質(zhì)本身就是功能菌生活的環(huán)境，施入土壤后容易存活；而生物菌肥的功能菌可能不適合某些土壤環(huán)境。
生物菌肥是以微生物的生命活動(dòng)導(dǎo)致作物得到特定肥料效應(yīng)的一種制品，是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中使用肥料的一種。國內(nèi)外多年試驗(yàn)證明，用根瘤菌接種大豆、花生等豆科作物可提高共生固氮效能，確實(shí)有增產(chǎn)效果，合理應(yīng)用其它菌肥拌種或施用微生物肥料，對(duì)非豆科農(nóng)作物也有增產(chǎn)效果，而且具有化肥達(dá)不到的效果。微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動(dòng)來完成，只有當(dāng)這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質(zhì)轉(zhuǎn)化和有益代謝產(chǎn)物才能不斷形成。
但生物菌肥的價(jià)格很高，沒有幾個(gè)農(nóng)戶會(huì)選擇它，一般在農(nóng)村，農(nóng)民都是選擇化肥，連有機(jī)肥都不是第一選擇的。所以希望農(nóng)科研究所可以把成本降低，這樣農(nóng)民也可以選擇生物菌肥減少對(duì)土地的污染了，還可以增加產(chǎn)量。